Depois de instalar o servidor novo com o samba  3.4.0, as maquinas com windows 98 nao estavam mais logando no servidor, foi ai que meu amigo Marcos (jofre62.com) achou a solução.

Na configuracao global do smb.conf colocar as seguintes diretivas:

lanman auth = yes
client lanman auth = yes
clientplaintext auth = yes

Com isso as maquinas com windows 98 iram logar no samba. Maiores informações no change log do samba.